Fue fundada el 21 de julio de 1938 por un grupo de intelectuales afincados en este barrio. Ellos se propusieron rescatar su historia y tradiciones creando una institución que con el correr del tiempo se convirtió en la decana entre las de su género. Los fundadores fueron el poeta e historiador Bartolomé Galíndez, quien asumió como primer presidente; Javier A. Pardo (secretario), Enrique T. Romero, Juan F. Ferrari, Arturo Hortiguera, Daniel de Escalada, Juan Rómulo Fernández y Raúl Silva Montaner (vocales). La reunión constitutiva se llevó a cabo en el Salón Árabe del Palacio Miraflores, suntuosa mansión ya desaparecida que se levantaba en Rivadavia 6433/65, donde estableció su primera sede.
Con el paso de los años, la institución no sólo fue aglutinando a aquellos interesados en desentrañar el pasado de Flores, sino que reunió a historiadores e investigadores que se dedicaron al estudio general de la historia de nuestro país. Así fue afirmando su presencia en el barrio y en todo el ámbito cultural del país detrás de los siguientes objetivos:
- Nuclear a todos los interesados en salvaguardar el patrimonio cultural de Buenos Aires, poniendo el acento en Flores e incluyendo su historia, arquitectura, artes, tradiciones, paisajes, documentos y demás testimonios de su pasado.
- Reunir periódicamente a sus miembros para compartir los conocimientos y descubrimientos relativos a estos temas en un ambiente de cordialidad y camaradería.
- Difundir públicamente los resultados de sus investigaciones mediante la publicación de monografías, artículos y libros, como así también a través de la organización de conferencias, seminarios, jornadas, congresos y actos culturales que contribuyan a mantener vivas las tradiciones de la zona.
- Acrecentar su archivo histórico para brindarlo a los estudiosos y público en general interesado en estos temas.
- Mantener su biblioteca pública actualizada en beneficio del alumnado y personal docente de las escuelas, colegios y universidades públicas y privadas, de los investigadores particulares y del público en general que desee consultar la bibliografía existente sobre la historia porteña y nacional.
- Incentivar en las jóvenes generaciones el amor y respeto por el barrio y la ciudad toda a través del conocimiento de su historia.
- Incorporar material fotográfico, periodístico, documental y objetos del pasado histórico del barrio con el fin de evitar su pérdida o destrucción y formar un museo evocativo de San José de Flores.
- Sostener con otras instituciones similares un intercambio de información y colaboración de interés mutuo.
- Gestionar ante las autoridades la defensa del patrimonio común en salvaguarda de los edificios emblemáticos, el paisaje urbano, la forestación existente, los monumentos y las obras de arte, como también obtener el señalamiento de los lugares de interés histórico.